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子宫内膜异位症病灶分布较广，其中宫骶韧带76%，子宫直肠陷凹79%，卵巢55。2%，还有分布于盆腔各部位和盆腔器官的表面，根据部位分为腹膜子宫内膜异位症、卵巢子宫内膜异位症等。

内异症主要临床表现为痛经，疼痛多位于下腹部及腰骶部，可放射至阴道、会阴、肛门或大腿，并伴有性交痛，渐进性痛经是本病的特点。
内异症另外一个特点是月经不调，表现为经量增多或经期延长，月经紫黯有块，排流不畅，少数经前点滴出血。
子宫内膜异位症主要病理变化为异位种植的子宫内膜同在位的子宫内膜一样受卵巢激素支配，发生周期性出血，血液、分泌液、及组织碎片聚集在组织间隙内，血浆及血红蛋白缓慢吸收，病灶周围产生类似感染炎性的反应，纤维组织增生、粘连、皱褶并形成疤痕。在病变处出现紫褐色斑点或小泡，最后形成大小不等的紫蓝色结节或包块。病变因发生部位程度不同而有所差异。
子宫内膜异位症病灶分布较广，其中宫骶韧带76%，子宫直肠陷凹79%，卵巢55。2%，还有分布于盆腔各部位和盆腔器官的表面，根据部位分为腹膜子宫内膜异位症、卵巢子宫内膜异位症等。
在内异症患者中有40%的病人继发不孕。妇科检查时子宫多后倾固定，直肠子宫陷凹等部位可扪及触痛性结节。通过超声检查(B超)可发现卵巢巧克力囊肿。